Gunnar W. Knutsens forskningsfelt
Mye av Gunnar W. Knutsens forskning handler om hvordan tro er med på forme menneskers valg og samfunn. I en tid. og et land som er stadig mer sekulært kan det være utfordrende å forstå og kommunisere hvordan religion og tro på overnaturlige vesener har vært helt sentrale for virkelighetsforståelsen og sosiale, religiøse, militære og juridiske valg opp gjennom historien. Ved siden av en bok om religionskrig har dette vist seg gjennom hans forskning på trolldomsprosesser og Inkvisisjon.
Trolldomsprosesser
I motsetning til hva mange tror var det først om fremst etter middelalderen at man i Europa (og de europeiske koloniene) så mange rettssaker mot mennesker tiltalt og dømt for magiske forbrytelser og å ha gått i forbund med djevelen. Dette skjedde altså hovedsakelig i tidlig moderne tid, en tid preget av store omveltninger og fremveksten av den moderne verden. Gunnar W. Knutsen har beskjeftiget seg med forskjellige sider ved disse rettssakene i Norge og Spania i mer enn 25 år, og veileder studenter ved Universitetet i Bergen som ønsker å skrive om emnet.
Inkvisisjon
Siden 1996 har Gunnar W. Knutsen arbeidet med kilder fra forskjellige inkvisisjonsdomstoler i Europa, Asia og Amerika. Han har skrevet bøker om Den portugisiske inkvisisjonen i India og om Den spanske inkvisisjonen i Valencia og Barcelona, i tillegg til en rekke artikler. I en artikkel har han sammen med Bjørn Bandlien skrevet om kjetterinkvisitorer i Norge. Gunnar W. Knutsen veileder masterstudenter og doktorgradsstipendiater som skriver om de spanske og portugisiske inkvisisjonene ved Universitetet i Bergen. Ved UiB drifter han EMID som er en unik database over rettssaker i de tidlig moderne inkvisisjonene.
EMID
The Early Modern Inquisition database er en enestående database over retracer i de spanske og portugisiske inkvisisjonene. Den består i dag av mer enn 100.000 saker og er et resultat av mange års arbeide i samarbeid med forskere fra mange land. Databasen ligger på UiBs servere og er brukes av spesialister fra hele verden.